Muchas gracias a todos por vuestros comentarios.
Veo que en el tema de compresión de vídeo, cada uno se lo guisa y se lo come, pero al menos no voy tan desencaminado.
Luis, según he investigado, la diferencia entre el ProRes y el ProRes HQ, es que el último comprime con un poco más de calidad y genera tamaños de archivo un poco más grandes. No he probado a llevar secuencias de imágenes directamente a Final pero creo que a partir de ahora montaré los vídeos con ProRes en la resolución original de las fotos y luego editaré en Final a 720p o 1080p. Así puedo hacer todos los reencuadres, paneos, zooms y ajustes de color en Final y me olvido de Motion... (cuando cambie de ordenador, que mi MacBoook Pro ya sufre a estas resoluciones...)
Actpower, probaré el codec PhotoJPEG a ver qué tal se comporta en Final a la hora de editar... Lo bueno del ProRes es que casi todos los efectos se aplican en tiempo real sin necesidad de render.
Durden, yo soy chico Mac

, y no tengo ni idea de After ni Vegas ni nada medio Pro que corra en windows... Asignatura pendiente, supongo.